งานของ กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ เริ่มมีขึ้นเป็นครั้งแรกในประเทศไทย เมื่อปี พ.ศ.2459 อยู่ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ซึ่งในขณะนั้นงาน การตรวจบัญชีสหกรณ์ อยู่ในความรับผิดชอบของ แผนกงานสหกรณ์ กรมพาณิชย์ และสถิติพยากรณ์ กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ และต่อมา เมื่อมีการปรับปรุงกระทรวง ทบวงกรมใหม่ จึงได้รับการ เลื่อนฐานะเป็น กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ อยู่ในสังกัดของ กระทรวงการสหกรณ์ เมื่อวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2495 ซึ่งต่อมา ก็ได้เปลี่ยนไป ขึ้นอยู่กับ กระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ ในปี พ.ศ.2506 และเมื่อมี การยุบกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติในปีพ.ศ. 2515 กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ ก็เปลี่ยนมาขึ้นอยู่กับ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จนถึงปัจจุบันนี้

          ระบบ การตรวจสอบบัญชีสหกรณ์ แต่เดิมนั้น ผู้ตรวจสอบบัญชี ทั้งหมดจะรวมกัน อยู่ที่ สำนักงานใหญ่ ของกรมฯ ใน กรุงเทพฯ เพียงแห่งเดียว และจะเดินทางออกไปเพื่อทำ การตรวจบัญชี ในจังหวัดต่างๆ เพียงปีละครั้ง หรือสองครั้งเท่านั้น แต่ละครั้ง จะใช้เวลาประมาณ 60 ถึง 90 วันซึ่งก็เป็นผลให้ การปฏิบัติงานเป็นไป ไม่คล่องตัวเท่าที่ควร จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2524 กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ จึงได้เริ่มกระจายงานการตรวจสอบบัญชี ออกไปยังส่วนภูมิภาค โดย การจัดตั้ง สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ ประจำจังหวัด ขึ้นเพื่อให้ความช่วยเหลือแนะนำด้านการเงิน การบัญชี ให้สถาบันเกษตรกร ได้อย่างใกล้ชิดยิ่งขึ้น ปัจจุบัน กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ มีสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ประจำอยู่ ทุกจังหวัดทั่วประเทศ โดยมีสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ที่ 1 - 10 ทำหน้าที่คอยกำกับดูแลการปฏิบัติงานของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ ซึ่งอยู่ในสังกัด

          ด้วยรัฐบาลได้เล็งเห็นว่าสถาบันเกษตรกรที่สำคัญของประเทศ คือ สหกรณ์การเกษตร สหกรณ์นิคม สหกรณ์ประมง ชุมนุมสหกรณ์การเกษตรและกลุ่มเกษตรกรที่รัฐให้การอุดหนุนมาโดยตลอดนั้น ยังมีความจำเป็นที่จะต้องให้ความช่วยเหลือ เพื่อให้สามารถควบคุมการทำงานอย่างมีประสิทธิภาพ อันจะช่วยให้สามารถดูแลรักษาสินทรัพย์และประโยชน์ของสถาบันเกษตรกรและของสมาชิกได้โดยรัดกุม รวมทั้งดำเนินงานบรรลุวัตถุประสงค์ได้ด้วยความเรียบร้อยเป็นประโยชน์ของแก่สมาชิกตามความมุ่งหมาย ในการพัฒนาสหกรณ์ตามแผนพัฒนาสหกรณ์การเกษตรสมบูรณ์แบบ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้เสนอโครงการสินเชื่อเพื่อการเกษตรของประเทศไทย โดยมีวัตถุประสงค์สำคัญ สรุปได้ดัง นี้คือ

การดำเนินงานตามโครงการดังกล่าวประกอบด้วยโครงการย่อย 10 โครงการ ในจำนวนนี้ มีโครงการปรับปรุงการบริหารการเงินและการบัญชีของสถาบันเกษตรกร ซึ่งอยู่ในความรับผิดชอบของกรมตรวจบัญชีสหกรณ์รวมอยู่ด้วย โดยให้จัดตั้งสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ขึ้นจังหวัดละ 1 สำนักงาน สำหรับระยะแรกของโครงการ(ปีงบประมาณ 2524 - 2526) กำหนดให้ จัดตั้งขึ้น 50 สำนักงานมีค่าใช้จ่ายทั้งสิ้น 69.8 ล้านบาท เป็นเงินกู้จากธนาคารโลก 19.5 ล้านบาท (0.97 ล้านเหรียญสหรัฐ) และเงินงบประมาณสมทบ 50.3 ล้านบาท ต่อมาได้มีการจัดตั้งสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์เพิ่มขึ้นเรื่อยๆ จนถึงปัจจุบันมีอยู่ครบทุกจังหวัด

          สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์แพร่ ได้จัดตั้งขึ้นตามโครงการปรับปรุงการบริหารการเงินและการบัญชีของสถาบันเกษตรกร โดยจัดตั้งขึ้นเมื่อเดือน กุมภาพันธ์ 2525 โดยใช้อาคารของหน่วยสหกรณ์ที่ดินแม่ยม (เดิม) ของกรมส่งเสริมสหกรณ์ ต่อมาได้เช่าอาคารสำนักงานอยู่หลายแห่ง จนในปีงบประมาณ 2540 สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์แพร่ ได้รับงบประมาณให้ก่อสร้างอาคารสำนักงานเป็นของทางราชการพร้อมบ้านพักข้าราชการในเนื้อที่ 5 ไร่ ตั้งอยู่เลขที่ 172 หมู่ 2 ตำบลน้ำชำ อำเภอเมือง จังหวัดแพร่ ซึ่งเปิดเป็นที่ทำการตั้งแต่เดือน ตุลาคม 2542 จนถึงปัจจุบัน